小笠原の気候は年間を通じて温暖であり（年平均気温23℃）、気候帯は亜熱帯に分類されます。小笠原諸島は海洋島（大陸と一度も地続きになったことがない島）であり、それぞれの生態系の特徴は大きく異なります。小笠原の生物は、鳥に運ばれたり、海流や風に流されたり、流木に付着したり、すべて何らかの方法で島に偶然たどり着き、島の環境に適応して生き残ったものの子孫です。小笠原に定着できた種は、長い時間をかけて独自の進化の道を歩み、その中には固有種へと進化するものも出現しました。陸産貝類（カタツムリ）や植物においては、今なお進行中の進化の過程が見られ、種分化の過程を良好に保存していることから「進化の実験場」と言うことができ、2011年（平成23年）に世界自然遺産に登録されました。

天然記念物・固有種・希少種
カタツムリの仲間は、小笠原のなかでも様々な進化を遂げた生き物の代表です。生息地 ：母島北部　
殻長約21.0mm、殻径約28.0mm程度のやや丸く、硬質の殻を持つのが特徴です。低標高の乾性林から高標高の雲霧林まで、様々な場所に生息し、林内の樹上に生活することが多いです。外来種の捕食により絶滅の危機に瀕しています。ヒメカタマイマイは、小笠原諸島の豊かな自然の中で、独自の生態系を築いている貴重な生き物です。

準絶滅危惧種に指定されている小笠原諸島固有種のトカゲ。体は濃い褐色で、まだら模様を持っている。体長は１２０〜１３０ｍｍ。全体に細かなまだら模様がある。先祖は流木などに乗って小笠原にたどり着いたと考えられている。他のトカゲは「まぶた」を閉じることができないが、オガサワラトカゲは、「まぶた」を閉じることができることが大きな特徴である。

小笠原諸島に生息する日本固有亜種。大型で体は黒く金属光沢があり、頭上は淡色でぶどう赤褐色、嘴は黒色をしている。アコウザンショウ、シマホルトノキなどの木の実を主な食物とする森林性の鳥類であるが、詳しい生態は不明。薄暗い常緑広葉樹林に生息し、地上で植物の趣旨や果実などの餌を探す。ゆっくり大きく羽ばたいて飛ぶび、小笠原群島間を移動する。10月から3月にかけて、地上のタコヅル群落の中に巣を作って繁殖する。

小笠原諸島に生息する日本固有種。体長２０～２５㎝、前腕長１３～１５㎝、翼を広げると８０㎝ほどである。体毛は全身暗褐色で、光沢のある灰白色の毛が混じる。主に植物の果実や花蜜、葉を採食する。一般に夜行性で、日中は樹林内で、単独又は群れで木にぶら下がって休息する。繁殖は冬期間（１２月～３月頃）に集団ねぐらを形成し、初夏に１回１頭の仔を産む。果樹など農作物や園芸作物を食する害獣とされていることや、ねぐら観察が夜の観光資源として扱われていること等、利害関係者の調整が特に難しい種である。

小笠原の母島列島固有種で国の天然記念物。目の周りの三角形の黒いふちどり模様が特ある。母島、向島、妹島、姪島だけに生息している。主に森林のなかで暮らすが、畑に現れ、パパイヤの実をついばむこともある。冬に若鶏が群れを作るが、それ以外は、つがいで行動する。環境への適応力が高いことで生き残っているが、島の開発が進むにつれて数が減り絶滅の恐れがある。

カツオドリは小笠原ではポピュラーな鳥ですが、温かい地域を好むので、内地で生活する人にはなかなか出会えません。大きさは翼を広げて（翼開長）135～150cmのやや大きめの鳥。体の色は白と黒。くちばしが大きく淡い黄色。目元が青いのは雄。雌には青い部分がありません。夏には小笠原諸島でカツオドリの繁殖がはじまります。父島の南島は最大の繁殖地になっており、たくさんの親子がいます。真っ白でふわふわで、まるでぬいぐるみのようなかわいいヒナ。海のアクティビティに参加すると会うことができるでしょう。

体長 30mm 程度。成虫は 4～11 月に出現し、渓流や小川に生息している。成熟オスは流畔の植物などに縄張りを作り、メスが現れると交尾する。メスは単独で枯れた木片などに産卵する。日本固有種。小笠原諸島の弟島、兄島、父島、母島及び姉島で記録されている。父島では 1998 年の記録を最後に絶滅したものと見られ、母島でも激減している。姉島でも確認できない。兄島・弟島は、繁殖が確認できている。

小笠原に住む天然記念物、そして固有亜種でもある。小笠原固有の唯一の猛禽類・オガサワラノスリ。島の生態系の頂点に君臨しています。硫黄島などの火山列島以外の小笠原群島に分布しています。体長は雄で50～52cm、メスで53～60cmで、翼長は122～137cmほどです。生息数は小笠原諸島全体でも60羽程度とされており、絶滅危惧種にも指定されている。